Partisipasi kaum Nahdliyin (NU) terhadap pengembangan telah dibuktikan dengan memiliki banyak lembaga-lembaga pendidikan seperti Pondok Pesantren, Raudhatul Athfal, Madrasah Ibtidaiyah, Madrasah Tsanawiyah, sampai Madrasah ‘Aliyah. Bahkan NU dengan Lembaga Ma’arif banyak pula mendirikan lembaga-lembaga pendidikan yang berbasis ilmu umum seperti SMP dan SMK. Mendirikan Perguruan Tinggi Islam di Kebumen merupakan tekad kuat masyarakat, terutama kaum Nahdliyin Kebumen.
Semangat membangun SDM umat Islam yang berwawasan ilmiah, kritis, inovatif, responsif dan piawai dalam kajian-kajian keIslaman membutuhkan hadirnya Sekolah Tinggi Islam di Kebumen. Upaya mengaplikasikan keinginan yang kuat Nahdhiyyin Kebumen, maka pada tahun 1973 berhasil meminta IAIN Sunan Kalijaga Yogyakarta untuk membuka cabang di Kebumen dengan Fakultas Ushuluddin. Hadirnya IAIN Sunan Kalijaga di Kebumen merupakan Perguruan Tinggi Pertama yang dibuka di kawasan Karesidenan Kedu. Menurut sejarah, walaupun hanya satu program studi yang dibuka, namun sambutan umat Islam di Kebumen pada waktu itu sangat antusias.
Akan tetapi dalam kelanjutannya, muncul peraturan pemerintah terhadap Perguruan Tinggi Negeri pada tahun 1974 yang secara tegas menyebutkan bahwa Kelas Paralel/Filial/Cabang yang ada di luar kota tidak diakui berstatus sama dengan fakultas yang ada di Perguruan Tinggi induknya. Ketentuan tersebut memaksa cabang-cabang Perguruan Tinggi lain untuk menentukan sikap (memisahkan diri atau memproses dan berusaha mendapatkan status sendiri). Atas dasar itulah IAIN Sunan Kalijaga yang baru satu tahun di Kebumen harus ditarik kembali ke Yogyakarta.
Ditariknya Fakultas Ushuluddin dari Kebumen tidak melemahkan semangat kaum Nahdliyin untuk tetap mempertahankan kehadiran Perguruan Tinggi Islam. Hal ini disiasati dengan tetap membuka Fakultas Ushuluddin, akan tetapi tidak lagi menginduk kepada IAIN Yogyakarta melainkan kepada Universitas Nahdlatul Ulama (UNU) Surakarta.
Semangat memiliki Sekolah Tinggi di Kebumen semakin dirasakan menjadi kebutuhan yang mendasar, terutama kebutuhan terhadap tenaga-tenaga professional dan akademik yang mampu menjawab tantangan-tantangan perkembangan masyarakat Islam.Tidak berlebihan, atas dasar pemikiran tersebut, maka para fungsionaris NU dan kaum Nahdliyin Kebumen melakukan serangkaian persiapan-persiapan untuk mewujudkan hadirnya Perguruan Tinggi Islam yang tidak lagi meginduk kepada UNU Surakarta.
Secara yuridis formal (resmi), tahun 1978 adalah tonggak sejarah dengan nama Universitas Nahdlatul Ulama (UNU) Kebumen dengan Fakultas Hukum Islam/Syari’ah (Qodho). Dengan demikian sejak tahun itu pula UNU Kebumen tidak lagi berinduk pada UNU Surakarta akan tetapi secara resmi berdiri sendiri. Adanya tuntutan tenaga akademis tentang kebutuhan tenaga-tenaga yang representatif dan professional dibidang pendidikan Islam, maka pada tahun 1985 UNU Kebumen membuka Fakultas Tarbiyah dengan Jurusan Pendidikan Islam. Dengan demikian Fakultas yang ada pada waktu itu antara lain Fakultas Syari’ah dan Fakultas Tarbiyah.
Upaya meningkatkan mutu dan kualitas dalam pengelolaan UNU Kebumen, maka perlu melakukan efektifitas dan efisiensi dengan merubah dan memisahkan kedua fakultas yang ada menjadi dua Sekolah Tinggi yang masing- masing terkonsentrasi pada Ilmu Tarbiyah dengan nama Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah Nahdlatul Ulama (STITNU) Kebumen.
Eksistensi STITNU dan STISNU pada perjalanannya mendapat respon yang baik, hal ini juga didukung oleh semakin tingginya minat belajar masyarakat Islam Kebumen dan sekitarnya terhadap Perguruan Tinggi Islam. Bukti nyata peran aktif dukungan masyarakat adalah sejak berdirinya hingga tahun 1994 masih menyelenggarakan kegiatan perkuliahan secara efektif. Namun, Kembali adanya peraturan dari pemerintah (DEPAG) terhadap seluruh Perguruan Tinggi Indonesia (1994) yang secara tegas menghendaki Perguruan Tinggi Islam yang memiliki dua atau lebih Fakultas harus digabung menjadi satu Fakultas Agama Islam.
Konsekuensi logis adanya ketentuan ini memaksa STISNU dan STITNU bergabung kembali menjadi satu Perguruan Tinggi/Sekolah Tinggi dengan nama Sekolah Tinggi Agama Islam Nahdlatul Ulama (STAINU) dengan Fakultas Syari’ah dan Fakultas Tarbiyah dibawah koordinasi dan pengawasan Kopertais Wilayah X Jawa Tengah.
Kebutuhan tenaga-tenaga akademik yang professional di bidang pendidikan Agama Islam semakin dirasakan kebutuhannya baik sekolah-sekolah formal maupun sekolah-sekolah non-formal. Berdasarkan pemikiran ini pula, maka semenjak tahun 1997 STAINU Kebumen hanya berkonsentrasi kepada satu program studi yaitu Ilmu Tarbiyah.
Upaya maksimal STAINU menumbuh kembangkan SDM dengan orientasi kepada kualitas ilmiah yang berbasis Islam Ahlus Sunnah Wal Jama’ah telah membuahkan hasil secara baik dan mendapatkan pengakuan dari pemerintah. Hal ini dapat dibuktikan dengan lahirnya Surat Keputusan Badan Akreditasi Nasional (BAN) DIKTI No: 008/BAN-PT/AK-4-6-2000 dengan status akreditasi B. Pada tahun 2006 STAINU Kembali memperoleh status akreditasi yang sama dengan SK BAN DIKTI No: 011/BAN-PT/Ak-X/S1/VIII/2006. Pada akreditasi selanjutnya, tahun 2011 STAINU juga mendapatkan status akreditasi B dengan SK BAN DIKTI No: 023/BAN-PT/Ak-XIV/S1/IX/2011. Terakreditasi B bagi STAINU Kebumen semakin memantapkan langkah untuk mengembangkan peran serta dalam menciptakan SDM.
Pada fase pendirian, kepemimpinan STAINU diketuai oleh:
- H. Tohaji Rosyid (2000-2002)
- H. Suroso, M.Pd.I (2002-2004)
- H. Bambang Sucipto, M.Pd.I (2004-2012)
- Imam Satibi, M.Pd.I (2012-2013)
Pada tahun 2013 STAINU Kebumen mengalami peningkatan alih status menjadi IAINU Kebumen berdasarkan Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Kementrian Agama Republik Indonesia Nomor 3532 Tahun 2013 tentang alih status. Hal ini merupakan wujud penghargaan dari Kementrian Agama Republik Indonesia atas keberhasilan IAINU Kebumen dalam meningkatkan mutu perguruan tinggi sehingga layak mendapat penghargaan alih status menjadi institut. Dengan perubahan nama itu, IAINU Kebumen diijinkan menyelenggarakan program yang lebih luas termasuk didalamnya ijin operasional penyelenggaraan beberapa prodi dan menambah fakultas, yakni Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam yang menaungi Program Studi Skonomi Syari’ah dan Program Studi Perbankan Islam.
Pada fase pendirian, kepemimpinan STAINU diketuai oleh Dr. H. Imam Satibi, M.Pd.I (2013-sekarang).
